La lettre A:
A-1: moteur Jumo 211B-1 de 1200 ch 2 exemplaires survivants
A-2: moteur Jumo 211G-1
A-3: version d'entrainement
A-4: envergure allongée moteur Jumo 211J-1 ou 2 de 1340ch 4 exemplaires survivants
A-5: identique au précédent moteur Jumo 211 B ou G 3 exemplaires survivants
A-6: identique au précédent avec un coupe cable de ballon captif
A-6/U: identique au précédent démontage du coupe cable moteur Jumo 211J radar Hohentwiel et réservoir larguable
A-7: identique au A-5 moteur Jumo 211H et double commande
A-8: moteur Jumo 211F et coupe cable
A-9: version tropicalisée du A-1 (filtre à sable, équipement de survie e milieu désertique, pare soleil)
A-10: version tropicalisée du A-5
A-11: version tropicalisée du A-4
A-12: version d'entrainement du A-4 pas d'armement ni de frein de piqué
A-13: version d'appui rapproché du A-4
A-14: version améliorée du A-4 avec un canon de 20 mm en gondole externe
A-15: soute à bombe agrandie emport poussé à 3 tonnes
A-16: version désarmée du A-14
A-17: version de lutte anti navire du A-4 avec 2 torpilles en emport externe
La lettre B:
Divers prototypes à moteur BMW amenant au Ju 188
B-0: avion de reconnaissance
La lettre C:
C-0: version chasse de nuit
C-1: dérivé du A-1 1x20mm 3x7,92mm
C-2: identique au précédent nez opaque 1 exemplaire survivant
C-3: moteur BMW 801 (moteur affecté en priorité au Fw 190)
C-4: version chasse de nuit du A-4 2x20mm et 12xMG81 dans les ailes 1 exemplaire survivant
C-5: moteur BMW801D-2 de 1700ch
C-6: moteur Jumo 211J
C-6b: nouveau radar et nouvelle radio
C-6c: Radar SN-2 puis d'autre équipement de détection, turbocompresseur, quelques exemplaire propulsés par des moteurs Jumo 211TK à turbocompresseur, armement Schräge Musik adopté en cours de série
C-7a: 2x20mm dans la soute a bombe
C-7b: identique au précédnt avec lance bombe externe
C-7c: moteur BMW 801, une ou plusieures MG 151 à l'avant
La lettre D:
D-0: version de reconnaissance moteur Jumo 211B-1, lance bombe externe enlevé, important matériel photographique installé
D-1: non réalisé 1 exemplaire survivant
D-2: moteur Jumo 211B, G ou H, point d'emport sous voilure pour des bombes ou des réservoirs larguables
D-3: version tropicalisée du D-1 (non réalisé?)
D-4: version tropicalisée du D-2
D-5: triple installation photographique
La lettre E:
non réalisé
La lettre F:
non réalisé
La lettre G:
G-1: chasseur de nuit dérivé du C-6c avec un empenage de Ju 188, moteur BMW 801D 4xMG 151 sous le fuselage, radar SN-2 1 exemplaire survivant
G-2: non réalisé
G-3: non réalisé
G-4: modifications mineures
G-5: non réalisé
G-6a: moteur BMW 801G radar SN-2 armement Schräge Musik
G-6b: avec FuG 350 Naxos Z installé dans le plafond de la cabine
G-6c: moteur Jumo 213A de 1750ch armement Schräge Musik
G-7a: moteur Jumo 213E antennes SN-2 inclinées
G-7b: radar SN-3 et FuG 218 Neptun
G-7c: radar FuG 240 Berlin (vitese de 674km/h)
La lettre H:
H-1: avion à long rayon d'action version de reco photo
H-2: chasseur lourd avec 6 MG 151 dans le nez
H-3: fuselage allongé moteur Jumo 213A-12 de 2240ch version de reco photo à très long rayon d'action
H-4: identique au précédent avec un radar de détection à l'avant et deux réservoirs larguable
Les lettre I à O:
non réalisé
La lettre P:
P-1: version de lutte anti char dérivé du A-4 avec un canon Pak 40 de 75mm
P-2: 2 BK 37 en carénage ventral
P-3: identique au précédent avec blindage supplémentaire
La lettre Q à R:
non réalisé
La lettre S:
S-0: moteur BMW 801D mitrailleuse dorsale unique de 13 mm
S-1: moteur BMW 801G avec surpuissance GM-1, point d'emport de bombe sous la voilure
S-2: moteur BMW 801TJ à turbocompresseur soute à bombe identique au Ju 88A-15
S-3: moteur Jumo 213A de 2240 ch et surpuissance GM-1
La lettre T:
T-1: version de reconnaissance du précédent, soute à bombe remplie de réservoir de carburant
T-2: non réalisé
T-3: identique au S-3 vitesse de 660 Km/h
